马耳他有一所主要的国立大学，即 马耳他大学（University of Malta）。这所大学成立于1592年，是马耳他的唯一一所国立大学，也是英联邦大学协会成员。马耳他大学提供本科、硕士和博士学位课程，涵盖多个学科领域，包括人文艺术、建筑环境学、牙科与外科学、经济管理与财务、教育学、工程学、健康科学院、信息技术学院、法学院、媒体与知识科学院、医药与外科学院、科学院、社会学院等。此外，马耳他还有其他的学院和研究中心，例如旅游学院（Institute of Tourism Studies）和马耳他人文科技学院（Malta College of Arts, Science & Technology）。