预缴的增值税可以通过以下步骤进行抵扣：
企业在预缴增值税时，需按照规定的税率计算应预缴税额。
在实际发生应税行为后，企业可凭预缴增值税的凭证，向税务机关申请开具增值税专用发票。
企业将专用发票上的税额作为进项税额，在计算当期应纳增值税时进行抵扣。抵扣时只需将专用发票上的税额直接从当期销项税额中扣除即可，抵扣的金额应与实际发生的业务相符。
预缴的增值税可以在申报纳税时，将已预缴的税款填写在增值税纳税申报表中。在计算应纳增值税时，将预缴的税款从应纳税额中扣除。如果预缴的税款超过应纳税额，差额部分可以作为留抵税额，在下期申报纳税时继续抵扣。
在抵扣时，需要对抵扣明细进行填报，以便税务机关核实。
如果预缴的税款较多，企业可以申请办理退税或抵减下期税款。例如，在房子出售后，按5%预交了增值税，可以在增值税申报表中将预缴的税款抵减实际应缴的税款。
对于在多个地区有缴税的企业，可以把预交增值税按地区抵扣，即在原缴税地和新缴税地都可以抵扣。
预缴的增值税款在用于抵扣时，需要符合相关税法规定的限额和条件。例如，房地产开发企业开发项目预销售时，按3%预缴的增值税，可以在转收入时抵减已预缴的增值税，但多预缴的税款不能退税。
通过以上步骤，企业可以按照规定将预缴的增值税进行抵扣，以减少当期应纳的增值税额。具体的操作细节和规定可能会因地区和行业而异，建议咨询当地税务机关或专业税务顾问以获取准确信息。