农村合作医疗（新农合）的注销生效时间如下：
农村合作医疗的生效时间是从办理参保手续的第二年的1月1日起至该年度的12月31日止。也就是说，如果缴费是在某年的9月至12月之间，那么费用是用于下一年度的，生效时间从下一年的1月1日开始。
新农合当年不交便会自动失效，办理停保手续的一般次日生效。
办理停保手续后，一般在办理停保手续后的次月起生效。具体生效时间可能因各地政策和办理流程的差异而有所不同，有些地区可能需要提前一定时间办理停保手续，例如提前15天或30天。
建议
及时办理停保手续：如果需要停止参加新农合，建议及时办理停保手续，以确保停保后能够按照相关规定生效。
关注当地政策：不同地区的具体政策和办理流程可能有所不同，建议在办理前咨询当地社保部门或相关部门，了解详细的操作流程和生效时间。