科目二缺考的处理方式如下：
缺考会被直接判定为考试不合格，本次考试机会作废。
每个科目允许补考一次，如果补考仍然不合格，则本次考试终止，需要重新预约考试。
缺考后，考生可以在十日后重新预约考试，但需要缴纳补考费。
如果在网上预约补考时界面显示为弃考状态，则需要亲自前往地级市车管所服务大厅进行面签。
每个科目的预约考试次数不得超过五次，第五次预约考试仍不合格的，已考试合格的其他科目成绩作废。
如果因故不能参加考试，应当提前一日申请取消预约，否则会被判定为不合格。
建议：
考生应合理安排时间，避免缺考，以免浪费考试机会和产生额外费用。
如果确实无法参加考试，应提前取消预约，以保留下次考试的机会。