处理小区内的违章建筑可以采取以下措施：
业主或物业管理部门可以向当地的建设主管部门、城市管理部门（如房管局、建委、城管大队等）进行报告或举报。
业主也可以通过业主委员会向物业管理部门提出并要求其采取行动。
由违章建筑所在地乡、镇人民政府组织相关部门、人员进行调查询问和现场勘验，确认是否违法、违规。
确认违章建筑后，相关部门会责令停止违法行为，并限期当事人自行拆除。物业管理部门也应发挥积极作用，及时制止违章建设行为，并向相关部门报告。
若逾期未拆除，相关部门可依法作出行政处罚决定，如罚款等。对于情节严重或拒不配合的，可向法院提出强制执行申请。
县级政府的建设部门可以对使用人处以1000元—5000元以下的罚款，对装饰企业处以5000元—50000元以下的罚款。
如果业主对行政机关的违章建筑认定或处理决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
对于行走、通风、采光、安全等权利确实受到侵害的特定业主，可以向法院起诉要求其他业主拆除违章搭建。
物业公司也可以要求业主拆除违章搭建，如果业主拒绝拆除，可以由业主委员会提起民事诉讼。
业主还可以采取其他方式进行自主救济，如向行政部门反映或向小区业主委员会反映，由业主委员会出面劝阻、制止，必要时由业主委员会出面提起民事诉讼。
通过以上措施，可以有效地处理小区内的违章建筑问题，维护业主的合法权益和小区的整体秩序。