印章保管中存在的问题主要包括以下几个方面：
缺乏统一的印章使用台账，导致用印事项和用印人无法追溯。
印章管理人员对使用印章材料不严格审查，甚至在没有监管人的情况下允许他人携带印章外出。
印章保管者让印章离开自己的视线，或由他人代为盖章，存在安全隐患。
印章未设专人保管，或保管人员擅自委托他人保管，职责不明确。
印章刻制业务流程不清晰，没有审批程序，刻制后没有下发正式启用文件。
印章使用未经过严格审批，使用范围和使用时间不明确。
印章丢失或被盗后不及时报告、报案或发布公告声明作废，留下潜在风险。
对加盖公章的材料，未注意落款单位与印章一致，用印位置不恰当，图形不清晰。
委托代办机构水平参差不齐，服务不规范，收费过高。
缺少监管与投诉渠道，导致一些机构滥用职权。
“关系章”和“人情章”带来的风险，印章使用可能受到不正当影响。
保管与交接过程中的不规范操作，可能导致印章被滥用。
员工在使用印章时，若不认真核对文件内容或存在操作疏漏，可能给公司带来法律责任。
综上所述，企业应建立健全的印章管理制度，明确印章保管和使用规范，加强印章保管的安全性，并采用科技手段提高印章使用的安全性。同时，对外委托代办印章时，应选择有资质的机构，并进行严格监管。