当发票作废时发现少了一联，您应该遵循以下步骤处理：
首先尝试找到丢失的发票联。
在找到的发票联上注明“作废”字样，并加盖单位财务章。
将作废的发票联、存根联和发票专用章粘贴在新的空白发票上。
在粘贴好的作废联上填写新的发票信息，确保信息完整无误。
保存好作废的发票存根，以备查验。
如果发票联丢失，需要立即通知开票单位，并携带相关文件到主管税务机关进行备案。
确保所有操作符合《中华人民共和国会计基础工作规范》和《增值税发票管理办法》的相关规定。
注意，原始凭证必须完整，缺失可能导致被认为虚开发票，处理不当可能面临法律风险。
请确保在处理过程中与开票单位和主管税务机关保持沟通，并遵循正确的流程，以避免可能的法律责任。