根据《中华人民共和国劳动合同法》和相关规定，如果员工擅自离职，用人单位可以依据劳动合同的约定和公司的规章制度扣除一定比例的工资作为赔偿，但需注意以下几点：
1. 扣除的工资不得超过员工当月工资的20%。
2. 如果扣除后的剩余工资部分低于当地的月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
3. 如果员工自动离职给用人单位造成了经济损失，用人单位可以要求赔偿，但赔偿金额同样受到上述限制。
4. 劳动者在试用期内提前三天通知用人单位，或在正式工作期间提前三十天以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。
请根据具体情况，并参照最新的法律法规，处理相关事宜。