拆迁公司在处理拆迁补偿款时需要交纳的税种主要包括：
企业取得的搬迁补偿收入，包括货币性和非货币性补偿，可能需要计入企业的营业外收入，并纳入应纳税所得额计算缴纳企业所得税。
根据搬迁的具体情况，企业可能有机会将搬迁补偿收入递延至规划搬迁次年起的五年内确认收入。
通常情况下，拆迁补偿款可能需要缴纳营业税。
但在特定情况下，如被拆迁单位和个人取得的房屋拆迁补偿费及其他补助费由政府财政部门支付，可以暂免征收营业税。
因国家建设需要依法征用、收回的房地产通常免征土地增值税。
但在某些情况下，拆迁补偿款可能需要缴纳土地增值税，具体情况需要根据当地税务机关的规定和审批。
根据相关法规，拆迁补偿协议可能需要缴纳印花税。
请注意，具体的税务处理可能因地区、具体情况和当地税法规定而有所不同。建议咨询当地税务机关或专业税务顾问以获得最准确的指导