增值税扣税凭证主要包括以下几种：
从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额，准予从销项税额中抵扣。
含税控机动车销售统一发票。
进口环节缴纳的增值税额凭证。
用于农产品收购的凭证。
农产品销售时使用的凭证。
包括各种由国家税务总局制定的完税证、税收缴款书、印花税票、扣（收）税凭证以及其他完税证明。
增值税一般纳税人支付的道路、桥、闸通行费取得的通行费发票（不含财政票据）。
用于出口货物转内销的凭证。
这些凭证是增值税抵扣的重要依据，纳税人应当妥善保管并取得合法有效的扣税凭证，以确保进项税额能够从销项税额中正确抵扣。