公司扣税的方式如下：
公司员工发工资时，个人所得税的扣除是按照公式：应纳税额 = （工资薪金所得 - “五险一金” - 个税起征点） × 适用税率 - 速算扣除数 进行计算的。
其中，“五险一金”指的是个人缴纳的社会保险和住房公积金，个税起征点为5000元。
企业在发放工资时，负责从员工工资中代扣个人所得税，并缴纳给地方税务局。因此，员工拿到手的工资是已经扣过税的税后工资。
公司需要根据所在地的税务要求进行税务登记，获得纳税人识别号或税务登记证明。
根据税务规定，公司需要按照规定的时间表提交纳税申报表，包括填写企业所得税纳税申报表，涵盖基本信息、所得额、应纳税额等内容。
公司可以选择按月缴纳、按季度缴纳或年度汇算清缴的方式向税务局缴纳税款。
具体流程包括核算纳税所得额、填写纳税申报表、申报并缴纳税款，以及领取税务机关出具的发票作为公司纳税的有效凭证。
这些步骤确保了公司和个人都遵守相关税法规定，合法地进行税收申报和缴纳。建议公司在日常运营中注意税务合规，及时完成各项税务申报和缴纳工作，以避免潜在的法律风险。