公安机关掌握证据的方式主要包括以下几种：
搜查和扣押：公安机关有权向有关单位和个人收集、调取证据，包括物证、书证等。这些措施必须严格遵循法律规定的程序和条件。
询问和讯问：公安机关可以通过询问证人、讯问犯罪嫌疑人等方式获取言词证据。在询问和讯问过程中，应当遵循法定程序，保障被询问人和被讯问人的合法权益。
技术侦查措施：在特定情况下，公安机关可以依法采取技术侦查措施，如监听、监控等，以获取与案件有关的证据。这些措施需经严格审批，并遵循法定程序。
协助人民法院调查取证：在涉及民事纠纷的案件中，公安机关可以协助人民法院进行调查取证。
申请人民法院调取证据：根据当事人的申请，公安机关可以向人民法院申请调取证据。
技术手段：利用技术手段恢复被删除的数据、通过鉴定机构对专门性问题进行鉴定等。
自行取证或委托律师调查取证：企业可以自行取证或聘请律师帮助完成取证工作。